Dudjom Jigdrel Yeshe Dorje nasceu em 1904 na região sudeste do Tibete, em Pemakö, que é uma das quatro terras secretas (beyul) de Padmasambhava. Ele foi reconhecido como uma das emanações de Dudjom Lingpa, um famoso terton ou “descobridor de tesouros escondidos” (tib: Terma; wylie: gTerma), particularmente aqueles relacionados à prática de Vajrakilaya. Dudjom Lingpa tinha a intenção de visitar o sul do Tibete para revelar a terra sagrada de Pemakö, mas como ele estava incapaz de fazê-lo, ele predisse que seu sucessor iria nascer lá para cumprir tal tarefa.

Jigdrel significa “destemido”, um título dado a ele pelo décimo quinto Karmapa, Khakyab Dorje. Quando criança recebera o nome “Yeshe”. Seu pai fora Kathok Tulku Norbu Tenzing, que era um famoso tulku na região de Pemakö e que havia recebido treinamento no monastério Kathok. Sua mãe se chamava Namgyal Drolma, que descendia do famoso terton Ratna Lingpa. Dudjom Rinpoche descendia de Nyatri Zangpo e de Puwo Kanam Dhepa, o rei de Puwo. De acordo com o calendário tibetano, ele nascera no ano do Dragão de Água do décimo quinto ciclo rabjung (1904), cedo da manhã no décimo dia do sexto mês.

Em sua juventude estudou com alguns dos mestres mais fenomenais de seu tempo. Ele começou seus estudos com Khenpo Aten em Pemakö, antes de freqüentar as grandes universidades monásticas no Tibete central – tais como Mindroling, Dorje Drak e Tarjé Tingpoling — e no Tibete oriental — tais como Kathok e Dzogchen. Mas foi para Mindroling que ele retornou para aperfeiçoar sua compreensão da tradição Nyingma. Os mais destacados entre seus professores eram Phungong Tulku Gyurmé Ngedön Wangpo, Jedrung Trinlé Jampa Jungne, Gyurme Phendei Özer e Minling Dordzin Namdrol Gyatso.

A principal área de atividade de Dudjom Rinpoche era no Tibete central, onde ele mantinha a tradição Mindroling, especialmente em Pema Chöling e em seus outros centros nas regiões de Kongpo e Puwo ao sul. Ele se tornou renomado por todo o país pela profundidade de sua realização espiritual, bem como sua vasta erudição.

Ímpar em ter recebido a transmissão de todos os ensinamentos existentes da imensamente rica tradição Nyingma, Dudjom Rinpoche era especialmente renomado como um grande terton, cujos termas são atualmente ensinados e praticados em larga escala, bem como um dos principais expoentes dos ensinamentos Dzogchen. Acima de tudo ele era considerado como a personificação viva e regente de Padmasambhava e seu representante na presente época. Conhecido como o ‘mestre dos mestres’, ele foi reconhecido pelos principais professores tibetanos de seu tempo como possuidor do maior poder de comunicar a natureza da mente, condição necessária para a trasmissão dos ensinamentos Dzogchen.

Depois de deixar seu país, Rinpoche se estabeleceu primeiramente em Kalimpong, na Índia, e mais tarde em Catmandu, Nepal. Ele estabeleceu várias comunidades de praticantes na Índia e no Nepal, tais como Zangdok Palri Kalimpong, Dudal Rapten Ling em Orissa, e os monastérios em Tsopema e Boudhanath. Ele ativamente encorajou o estudo da tradição Nyingma no Tibetan Institute for Higher Studies em Sarnath, e continuou à conceder ensinamentos de acordo com sua própria tradição de termas, bem como dando muitas outra importantes transmissões e iniciações.

A linhagem Nyingma, ao contrário das outras escolas do budismo tibetano, que possuem uma hierarquia mais centralizada, se mostra bastante heterodoxa. Devido à razões históricas, esta escola acabou por desmembrar-se em diversos ramos e linhagens, com práticas e rituais que variam de região para região. Então, a pedido do conselho tibetano no exílio, o cargo de chefe da linhagem Nyingma foi criado com o propósito de que esta escola tivesse um representante no conselho. Os líderes da linhagem Nyingma indicaram Dudjom Rinpoche para assumir esta nova posição.

Na última década de sua vida, apesar de sua saúde debilitada e muitos anos de atividade intensa, ele devotou boa parte se seu tempo em ensinar no ocidente, onde foi bem sucedido em estabelecer a tradição Nyingma, em resposta ao crescente interesse entre os ocidentais. Ele fundou grandes centros como Dorje Nyingpo e Orgyen Samye Chöling na França e Yeshe Nyingpo, Urgyen Chö Dzong muitos outros nos Estados Unidos. Dudjom Rinpoche também viajou pela Ásia, tendo uma grande quantidade de seguidores em Hong Kong, com um vibrante centro que visitou em três ocasiões.

Na décade de 1970, Dudjom Rinpoche conduziu alguns ensinamentos nos Estados Unidos e em Londres, além de alguns retiros em Urgyen Samye Chöling, na França. Eventualmente, Dudjom – o errante (como às vezes costumava referir a si mesmo), estabeleceu-se com sua família em Dordogne, no sudoeste da França. Lá em agosto de 1984, ele daria seu último grande ensinamento público. Ele morreu em 17 de janeiro de 1987.